Indonesia sebagai negara yang baru merdeka 50 tahun masih memiliki banyak masalah-masalah dasar mengenai integritas, pemerintahan, suku-bangsa, agama, dll. Artikel ini membicarakan sebagian masalah-masalah besar yang dihadapi Indonesia.
- Aceh: merupakan kesultanan sejak beratus tahun sebelum kolonisasi. Pada saat kemerdekaan dia dijanjikan otonomi. Dan sejak itu grup militan memperjuangkannya, terutama GAM. Namun pada 2005 telah disepakati perjanjian damai.
- Jakarta: Permasalahan etnis, yang pecah pada Mei 1998 yang mengakibatkan ribuan orang meninggal dan pengrusakan komunitas etnis Tionghoa.
- Kalimantan: Permasalahan transmigrasi pada 1998
- Bali: Pengeboman oleh para teroris, pada 2002 dan 2005.
- Maluku: Bentrok antar-agama pada 2001 menyebabkan ratusan kematian
- Ambon: Bentrok antar-agama sejak 1999 telah menyebabkan ribuan kematian
- Timor Timur: Peperangan rakyat dengan pemerintah menyebabkan puluhan ribu tewas, yang menuju ke kemerdekaan Timor Timur pada 1999
- Irian Jaya: Gerakan yang menginginkan kemerdekaan Irian Jaya.
[sunting] Pranala luar